A modernizált Check-in 1 2013. január 9-én kezdte meg működését, ahol ezentúl az airberlin és NIKI járatok kezelése is zajlik. A légitársaságok a Check-in 2-ről költöznek át a Check-in 1A-ra.
Az átépítés miatt lezárt bécsi Check-in 1 2013. január 9-től újra üzemel. A jövőben a Check-in 1-en kezelik a NIKI és az airberlin, valamint további légitársaságok járatait is. Ugyancsak 2013. január 9-től az eddig a Check-in 2-n kezelt légi járatok is átköltöznek a Check-in 1A-ra.
A modernizált Check-in 1 elsősorban a NIKI és az airberlin utasai számára kínál komfortosabb utazást. A terminál 3.500 m²-es területén a jövőben 30 check-in-pult és 8 önkiszolgáló check-in automata áll rendelkezésre. Újdonságként jelenik meg ezen kívül egy saját elsőbbségi zóna a topbonus törzsutasok számára. A biztonsági ellenőrzéseknél valamennyi topbonus platina, arany és ezüst fokozatú utas gyorsító sávot vehet igénybe.
A Check-in 1-en ezen felül az utasok két nagycsomag-pultot, két vámkezelő pultot, továbbá hordárszolgáltatást is találnak. A Check-in 1 újranyitásával a közvetlen közelben fekvő 3. parkolóház vonzereje is megnő. Egy rövid, fedett út vezet onnan közvetlenül a terminál épületébe, és a topbonus platina-, arany- vagy ezüstkártyás utasok számára egy exkluzív parkoló is rendelkezésre áll.
A jövőben a Check-in 1-en kezelt további légitársaságok: Aegean Airlines, Air France, Finnair, Alitalia, British Airways, China Airlines, Aer Lingus, Iberia, Jat Airways, KLM Royal Dutch Airlines, Tarom, Aeroflot, Turkish Airlines és Transaero Airlines.
2013. január 9-től üzemen kívül helyezik a Check-in 2-t, hogy megkezdődhessenek a munkálatok az alatta fekvő csomagtovábbító berendezésen, és ezáltal az utasok számára lerövidíthető legyen a B és C kaputól a központi érkezési csarnokba vezető út. Már elkészült egy új, fedett utasátjáró a központi érkezési csarnokból a 3. parkolóházba.
Az eddig a Check-in 2-n kezelt légi járatok tehát 2013. január 9-től a Check-in 1A-n találhatók: Intersky, Germanwings, Air Baltic, Norwegian, Free Bird Airlines, Transavia Holland, Belle Air Europe, Jet2.com Air services, Belle Air, Ostfriesische Lufttransport GmbH, Pegasus Airlines, Peoples Viennaline, Syrianair, RAK Airways, Skyworkairlines, Easyjet Airlines, Vueling Airlines S.A., WDL Flugdienst, Tuifly.com és Sunexpress.
Az Austrian Airlines és a Star Alliance használja a Check-in 3-at
A Check-in 3-on jelentkezhetnek be az Austrian Airlines valamennyi légi járatának utasai. A Turkish Airlines kivételével az összes Star Alliance járat kiszolgálására is az új terminálon kerül sor. A Check-in 3-on található az F és a G kapu. Innen indul az Austrian Airlines szinte minden légi járata. Kivételt képeznek például a Kanadába induló távolsági járatok, melyek a hatályos előírások értelmében zárt kapukat és kiegészítő útiokmány-ellenőrzést igényelnek, ezért továbbra is a D kaputól indulnak.
Az utasok a bécsi repülőtér honlapján, a www.viennaairport.com/légitársaságok címen találhatnak bővebb információt arról, hogy mely légitársaság melyik check-in területen érhető el, illetve hogy hol kezelik az egyes légi járatokat.